O Encceja é realizado pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep) em colaboração com as secretarias estaduais e municipais de educação. O Exame é aplicado pelo Inep, mas a emissão do certificado e declaração de proficiência é responsabilidade das Secretarias Estaduais de Educação e Institutos Federais de Educação, Ciência e Tecnologia, que firmam Termo de Adesão ao Encceja.

O Exame tem quatro aplicações, com editais e cronogramas distintos: Encceja Nacional para residentes no Brasil, Encceja Nacional PPL, para residentes no Brasil privados de liberdade ou que cumprem medidas socioeducativas, Encceja Exterior, para brasileiros residentes no e Encceja Exterior PPL, para residentes no exterior privados de liberdade ou que cumprem medidas socioeducativas. As aplicações fora do Brasil são realizadas em parceria com o Ministério das Relações Exteriores (MRE).

Art. 38. Os sistemas de ensino manterão cursos e exames supletivos, que compreenderão a base nacional comum do currículo, habilitando ao prosseguimento de estudos em caráter regular.
§ 1º Os exames a que se refere este artigo realizar-se-ão:
I - no nível de conclusão do ensino fundamental, para os maiores de quinze anos;
II - no nível de conclusão do ensino médio, para os maiores de dezoito anos.
§ 2º Os conhecimentos e habilidades adquiridos pelos educandos por meios informais serão aferidos e reconhecidos mediante exames.

A participação nos Exames Supletivos da Educação de Jovens e Adultos – oferta Online, Ensino Fundamental, é voluntária e gratuita, destinada aos jovens e adultos com no mínimo 15 (quinze) anos completos, na data de realização dos Exames Supletivos e que não tiveram oportunidade de concluir seus estudos na idade apropriada para a conclusão do Ensino Fundamental.

I - documento original e cópia, para fins de autenticação do Cadastro de Pessoa Física (CPF);
II - documento de identificação original com fotografia e cópia, para fins de autenticação (cédulas de identidade expedidas pelas Secretarias de Segurança Pública, Forças Armadas, Polícia Militar e Polícia Federal; cédulas de identidade para estrangeiros, expedidas pelo Ministério das Relações Exteriores; cédulas de identidade fornecidas por ordens ou conselhos de classes que, por Lei, valham como documento de identidade; Carteira de Trabalho e Previdência Social, bem como a Carteira Nacional de Habilitação com fotografia, na forma da Lei nº 9.503, de 1997); III - Para inscrever-se aos Exames Supletivos de Ensino Fundamental pela primeira vez, o (a) candidato (a) deverá apresentar somente os documentos pessoais.
IV - A inscrição será indeferida se o (a) candidato (a) apresentar documento falso, adulterado, ilegível.

Os Exames estão organizadas nas 4 Áreas de Conhecimento, a saber: Linguagens, Matemática, Ciências Humanas e Ciências da Natureza. Os exames são compostos de 4 (quatro) provas objetivas, contendo cada uma 10 (dez) questões de múltipla escolha.

A Prova física e escrita de redação consistirá na elaboração de alguns gêneros textuais como: Bula de r